很多人不敢上公共廁所，害怕坐上曾被無數人使用過的馬桶會因而得到性病或皮膚病。但醫師認為，這些顧忌都是心理因素作祟，公廁傳染疾病的機率並不高。 上公廁有沒有可能感染性病？嘉義大林慈濟醫院泌尿科醫師盧誌明表示，性病多半透過性接觸、血液與體液傳染。當中包括淋病、梅毒、菜花甚至愛滋病等，都無法經由皮膚短暫、間接接觸而傳染。他繼續說道，雖然性病病菌離開人體仍可能存活，但接觸得病的前提是「黏膜破損」，也就是黏膜有傷口缺損，若在皮膚、黏膜完好的狀況下接觸病菌並不會染病。尤其，男女生殖器私處並無黏膜外露，「所以，使用公廁染上性病機率非常低。」他認為。
至於坐公廁馬桶有無可能染上皮膚病。嘉義聖馬爾定皮膚科醫師何官倫說：「因公廁馬桶不潔，使用後得到皮膚病，最有可能的就是『疥瘡』。」他進一步指出，疥瘡是藉由疥蟲所引起的皮膚病，主要傳染途徑為皮膚接觸，又由於疥蟲可在空氣中存活48小時，「理論上疥蟲可能存活在公廁馬桶座上，傳染疥瘡給下個使用者；但實際上，臨床看診從沒發現過。」。
另外，許多人擔心坐上公廁馬桶會染病，往往要踩上坐式馬桶，才能安心「解放」。民眾楊素敏說：「公廁馬桶不知道有多少人用過，如果只有坐式可用時，就會把它當蹲式用，直接踩在上面，免得皮膚接觸馬桶座而染病。」
盧誌明表示，這是相當危險的動作。過去就有民眾在公廁坐式馬桶上「蹲馬步解放」，把馬桶壓垮導致屁股開花的情況。他表示，一般坐式馬桶都有其受重極限，尤其公廁因為使用人多、磨損快，正常使用馬桶時有腿部分散重量，馬桶受重不多；但腳踩馬桶如廁，全身重量都壓在馬桶上，馬桶受重增加，又雙腳懸空，一旦馬桶垮了，便容易坐在碎裂的馬桶上，「怕染病卻造成屁股開花，得不償失。」
雖然醫師認為馬桶座不太可能傳染疾病，若民眾仍對公廁馬桶衛生有顧慮，何官倫建議，使用公廁前，可用衛生紙或濕紙巾先擦一擦馬桶座再如廁，若是仍不放心，可再墊上一層衛生紙，隔絕皮膚與馬桶座間的接觸。如果仍有顧慮，就上蹲式馬桶吧。
