大林慈濟醫院的地理位置在雲林、嘉義兩縣的交界處，正好位於國民健康局統計大腸直腸癌的發病年齡最高、病患存活率最低的兩個縣之間，本院從啟業至今已診斷或治療超過1300位大腸直腸癌病患，累積了相當多的經驗與口碑。此外，本院鄰近地區許多民眾也受許多肛門直腸疾患(例如痔瘡、肛門廔管、肛裂等等)的困擾。本院一本服務鄉親、提升社區醫療水平的原則，在林俊龍前院長(現為慈濟醫療志業體執行長)、簡守信院長的長期規劃之下，在民國100年7月，大林大腸直腸外科正式從一般外科獨立出來，大腸直腸外科病患已經從早年的隨機於一般外科就醫，逐漸集中在固定的外科醫師診療之下，而服務的項目也從單純的手術，發展成整合性的大腸直腸癌多科聯合治療團隊，以照顧病患與家人在治療期間的多方面的需求。
大林慈院大腸直腸外科的服務項目與特色如下：
大腸直腸癌部分：
大腸直腸癌部分：
1. 全面引進微創大腸直腸癌根除手術以取代傳統剖腹手術，減少手術引起的疼痛與併發症。
2. 在根除癌瘤的前提之下，發揮微創手術適合深部剝離的優勢，盡量為直腸癌病患保留肛門。
3. 外科醫師主導，單一窗口的多科治療團隊。
4. 堅持主治醫師親自操刀，絕不讓病患淪為學生練刀的犧牲者。
5. 啟業至今已經服務超過千名大腸直腸癌病患與家庭，累積相當的經驗。
6. 全力幫患者爭取健保給付高貴化療藥物與標靶藥物。
大腸直腸癌治療團隊
由親自手術、見過腫瘤在患者體內的狀況、了解病人個別生理差異的外科醫師擔任召集人，整合血液腫瘤科、放射腫瘤科、核子醫學科、影像醫學科、一般外科、病理科、大腸造口室、以及專科護理師、個案管理師，提供大腸直腸癌病患與家屬全方位的治療與協助。
肛門手術(例如痔瘡、肛門廔管)部分：
1. 由專業的大腸直腸外科專科醫師進行手術，以避免術後的肛門狹窄與失禁為基本原則。
2. 在手術成功的前提之下，盡量減少傷口疼痛。
3. 盡量以局部麻醉取代半身麻醉。
4. 以長遠根治為主要訴求，不以短期控制為滿足。
