解剖病理科位於大愛樓12樓A區。工作區域分成感染區及辦公區,空間規劃有外科病理工作室、細胞病理操作室、免疫病理檢查室、會議室及休息室。此外大愛樓地下二樓助念堂內設有解剖室,是進行大體解剖教學的地方。
科內的重要儀器設備有,常規病理檢查設備、細胞學檢查設備、教學研究設備。
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